Дело в том что какой бы высота ни была страница, он всегда выводится посередине, даже если мы находимся на пару экранов ниже
Это легко исправить: открываем файл js/jMainclass.js и заменяем там функцию ShowLoad() целиком вот на это:
function ShowLoad()
{
var load=$('#'+loading_id);
if (!load || not_loading)
return;
var w=$(window).width();
var h=$(window).height()/2+$(window).scrollTop();
load.css('left',w/2-100+"px").css('top',h-70+"px").show();
}
Вот теперь курсор будет появляться точно посередине экрана.