Кто мне скажет можно ли, если да, то как, залить содержимое папки на серв? Т.е. чел указывает путь до папки (типа как до файла в input=file), отправляет форму и я получаю её содержимое, с которым уже делаю нужные мне манипуляции. Flash, html5, ajax, что угодно

О таком не слышал никогда...
Как вариант заливать архив, а на сервере распаковывать

такое невозможно. Только архивом.

Тогда помогите кто-нить с распаковкой exe-архива, который генерицо в определенной программе. Вот инфа при выполнении file в консоле https://oversun.zendesk.com/attachm...ion_exe_not.jpg
Пробовал unzip, unshield и p7zip, ни одна из них не распознает файл как архив. Вот архив для пробования своих сил http://rusfolder.com/31554876