Делаю единую (связанную) авторизацию Eleanor CMS <-> игровой сервер.
Допустим, у пользователя пароль parole4ka, как с помощью PHP мне зашифровать этот пароль, чтобы он принял вид как в БД?

так есть же в системе функция, я шифрования пароля, я думаю не составить проблем посмотреть как это работает
как проходит регистрация в версии 0,9 можно посмотреть в файле modules/account/user/guest/register.php

Что-то я не нахожу работу с БД, где посредством SELECT выбирается пароль для сверки

тогда вам совсем в другой файл
core/login/base.php

там найдете то, что вам нужно

А вот теперь ступор с PHP ООП. Почему-то в Java ООП я разбираюсь, наверное потому что там заголовок равен имени классу и его не нужно искать по всем скриптам.

if($user['pass_hash']===UserManager::PassHash($user['pass_salt'],$pass,$extra['ismd']))
static::SetUser($user);

Как найти UserManager и PassHash?

core/others/usermanager.php
в нем и найдете PassHash